잣나무는 대기 오염, 특히 자동차 배출가스에 취약하다. 도시에서는 대기 중 이산화황(SO₂)과 같은 오염 물질이 많이 배출되는데, 잣나무는 이러한 오염 물질에 민감하여 생육 상태가 나빠지고, 잎이 손상될 수 있다. 잣나무는 다양한 해충과 질병에 취약하며, 특히 도시 환경에서는 잣나무 솔잎혹파리와 같은 해충이 쉽게 번식할 수 있다. 잣나무는 뿌리 시스템이 비교적 크고 깊게 뻗어나가며, 충분한 토양 공간이 필요하나 도심에서는 보도나 도로 주변의 토양이 제한적이고, 뿌리의 확장이 어려운 경우가 많다. 더불어 잣나무는 크기가 매우 커지며, 그로 인해 가지가 도로로 뻗어나갈 가능성이 높다. 이는 차량 통행에 방해가 될 수 있으며, 지속적인 가지치기와 관리가 필요하기에 유지 관리가 높은 비용과 노동력을 요구한다.